Máme 2 zdrojové soubory:
a.txt
a1t c1r b1a class M d1i
b.txt
using System; a1t c1t b1a public partial class M d1i
Jako vzor mi poslouží porovnávání obsahu souboru Total Commanderu 8.52a, se kterým jsem byl odjakživa naprosto spokojený, ale myslím že ono to už je delší dobu stejné:

Nyní už k aplikacím se stejnou funkcí, na stránkach http://diff-ext.sourceforge.net/ jsem našel aplikaci která do kontextové nabídky souboru přidá možnost porovnat obsahy 2 nebo 3 souborů. Odtamtud jsem se dozvěděl o těchto programech na které se zde blíže podíváme:
KDiff3 10.9

Pracuje trochu jinak než Total Commander ale není to špatné. Na rozdíl od TC neumí když se změní jediné nebo několik znaků označit jen tu změnu – vyplivne celý řádek jako změněný.
tkdiff 2.82

Jiný začátek souboru pozná a to že písmenko je jiné taky, což ale mu láme vaz, protože s tím nepracuje inteligentně – jedná se úplně o něco jiného, on se však stále snaží nacházet rovnost mezi řádku z 20 znaky a se třemi.
WinMerge 6.13

Pracuje stejně jako tkdiff, což ho řadí mezi ty lepší. Pracuje s vnořenými okny, tak jako kdysi pracovala třeba Opera, ano onen webový prohlížeč, který jsem kdysi beznadějně miloval, avšak co se pochromatila jsem přešel na Chrome.
CSDiff 1.31

Zajímavě zobrazí výstup, pro mě je to docela matoucí až chaotické. Ale jako jediný zatím pracuje fakt inteligentně, pozná že řádek asi patří k sobě i kdyby před ním byla struktura jakákoliv.
Beyond Compare 19.8

Naprosto fantastická app. Pracuje stejně jako Total Commander, vizuálně je to však ještě o několik kroků dál. Automaticky pozná dle přípony o jaký typ obsahu se jedná – je tam zastoupeno velké množství zdrojových souborů skriptů(C#, Java, … ale třeba JavaScript ne) i značkování(HTML, XML), dokumentů nebo třeba ještě větve registru. Jedná se o plně funkční trial verzi na 30 dní a je jedno zda máte aktivované funkce Standard nebo Pro. O rozdílech mezi nimi na http://www.scootersoftware.com/shop.php?zz=kb_editions .
Licence pokud chcete používat aplikaci po 30 dnech stojí 30 USD za Standard a 60 USD za Pro. Minor updaty (například ze 4.0.0 na 4.1.2 jsou zdarma doživotně). 30 USD je k dnešnímu dni průměrně za 2730 Kč – nevím však zda se nenaúčtují ještě nějaké provizní poplatky, tohle je samotný produkt. Pracuje s taby takže nemáte otevřených 10 instancí aplikace.
Za mě – pokud si Beyond Compare nebudu kupovat, budu používat KDiff3 pokud budu mít něco v Windows Exploreru(nebo třeba ve File Locator, což je další bezkonkurenčně úžasná aplikace), ve spolupráci s Total Commanderem. Jen mě trochu zaráží že ext-diff obrací pořadí souborů(např. i když alfanumericky a i ve Exploreru je prvně a.txt a pak b.txt, srovná opačně).
Stačí mu však mírně prohodit parametry, pro 2 cestné srovnání: “C:\Program Files\KDiff3\kdiff3.exe” “%2” “%1” A pro troj: “C:\Program Files\KDiff3\kdiff3.exe” “%2” “%3” “%1” Samotné KDiff3 umí pracovat i bez diff-ext ale s popisovanou záměnou pořadí. Zkoušel jsem zda Total Commader nemá vlastní spustitelný soubor pro porovnání – nemá, možná by jej šlo vyvolat s určitým parametrem, ale to zatím nechám tak.
Kdybyste věděli jak to jde tak klidně napište do komentářů. U samotného diff-ext doporučuji vypnout 3 way compare mode, protože vám to přidá do kontextové nabídky každého souboru hned 2 položky na to samé.